Sonja Runje machte ihren Masterabschluss in der Studienrichtung Operngesang an der Musikakademie der Universität Zagreb bei Martina Gojčeta Silić mit Auszeichnung. Momentan arbeitet sie regelmäßig mit Eva Blahová in Bratislava zusammen.
Bereits gesungenes Standardrepertoire der jungen Altistin sind Rollen wie Sesto (La clemenza di Tito), Smeraldina/Linette/Nicolette (Die Liebe zu den drei Orangen), Isabella (L’italiana in Algeri), Calipso (Polifemo), Bradamante in Vivaldis Orlando furioso, Disinganno (Il trionfo del Tempo e del Disinganno), Orlofsky (Die Fledermaus), Orfeo (Orfeo ed Euridice), Olga (Eugen Onegin), Mércèdes (Carmen) und Maddalena (Rigoletto).
Sonja Runje ist eine gefragte Oratorien- und Konzertsängerin. Bisherige Auftritte umfassen Haydns Nelson-Messe, Schuberts Winterreise, Bachs h-Moll-Messe, Duruflés Requiem, Papandopulos Kroatische Messe, Mahlers 2. Symphonie, Mendelssohns A Midsummer Night’s Dream, Mozarts Requiem und Missa Brevis in B-Dur, Vivaldis Gloria und Stabat Mater, Pergolesis Stabat Mater, Handels Messiah und Dixit Dominus, Bachs Kantaten Lobet Gott in seinen Reichen und Süßer Trost, mein Jesu kömmt, Saint-Saëns Oratorio de Noël und Beethovens Neunte Symphonie.
Die Spielzeit 2020/21 stand für Sonja Runje ganz im Zeichen von Händel mit Auftritten als Cornelia (Giulio Cesare) am Theater St. Gallen, in Tolomeo am HNK Rijeka und beim Savonlinna Festival, in der Titelpartie in Amadigi beim Garsington Festival. Als Albina (La donna del lago) war sie am HNK in Zagreb als auch beim Festival Saaremaa zu erleben. Regelmäßig arbeitet Sonja Runje mit dem Zagreber Philharmonischen Orchester und mit dem Kroatischen Barockensemble zusammen.
In der Spielzeit 2021/2022 sang sie u.a. Partien wie Bradamante und gab ihr Rollendebüt als Alcina in Vivaldis Orlando Furioso beim Klangvokalfestival Dortmund sowie in der Salle Seine in Paris. Zudem sang sie Dido and Aeneas in Helsinki und Calipso beim Bayreuth Baroque Opera Festival, wohin sie 2022 mit einem Konzert mit Bononcini-Kantaten sowie in der Titelpartie in Bononcinis Griselda zurückkehrte.
Sonja Runje arbeitet regelmäßig mit namhaften Dirigenten wie Georg Petrou, Christian Curnyn, Rubén Dubrovsky und Niksa Bareza zusammen.